关于农村房屋卖了后拆迁，卖房合同确实会影响补偿款的分配。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，此类纠纷首先鼓励当事人协商解决。若卖房合同中明确规定了拆迁补偿款的归属，那么双方应依据合同条款进行分配。若合同未明确规定或存在争议，则可请求政府、村委会调解，或向法院提起民事诉讼，由法院根据合同条款及实际情况进行裁决。
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若卖房后双方对拆迁补偿款有争议，可通过以下途径解决：一是双方自行协商，尝试达成一致意见；二是请求政府或村委会等第三方进行调解，寻求公正解决方案；三是若协商和调解均无果，可依据《中华人民共和国民事诉讼法》向法院提起民事诉讼，通过法律途径解决争议。
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从法律角度看，确保农村房屋拆迁中卖房者权益不受侵害的方法有：签订卖房合同时，明确拆迁补偿款的归属和分配方式；保留好卖房合同及相关证据，以便在争议发生时作为法律依据；若遇争议，及时寻求政府、村委会等第三方的调解，或向法院提起诉讼，通过法律手段维护自身权益。